В периода 1847–1848 г. в двора на църквата е създадено първото светско училище в Свиленград, чийто главен учител е възрожденецът Христо Попмарков. По време на Междусъюзническата война и последвалото опожаряване на Свиленград от турските войски, храмът изгаря до основи. По-късно църквата е издигната наново от свиленградчани, като изцяло е запазена първоначалната архитектурна форма.